具中科博生研究表明，影响异体角膜干细胞移植手术成功的因素从理论上讲，除了取决于术前供体组织状况、术中手术者的手术技巧以及术后免疫排斥反应外，还取决于以下3个关键因素：中科博生。
1）供体提供干细胞的数量及其增生活性，只有提供足量和有活力的角膜缘干细胞，才能保证术后上皮的重建；
2）移植健康的Bowman膜在角膜上皮的重建中也起着重要作用，Bowman膜有使受体结膜上皮转化成角膜上皮的作用；
3）健康的角膜基质不仅为角膜干细胞生长提供了良好的微环境，而且对新生血管的生长有明显抑制作用。中科博生。
自体角膜干细胞移植的成功率虽然由于避免了免疫排斥反应，而使移植成功率大大高于同种异体移植，但是其成功率依然受到以上3个因素的影响。中科博生。
角膜干细胞在移植以后还可能出现别的几个免疫排斥反应。
上皮生长迟缓
由于干细胞存活数量少或旧病复发、泪膜功能障碍、睑板形态异常等原因。可对因治疗，如术后用人工泪液或自体血清滴眼。必要时再行二次干细胞移植术。中科博生。
植片裂开
常由于缝合不牢或过早拆线造成。中科博生。
高眼压
由于手术破坏了房水排出途径，造成术后眼压上升，进而损伤视力。行43眼首次干细胞移植后有16眼出现高眼压。可通过局部应用降眼压药物(如伊肾上腺能受体阻滞剂)或行抗青光眼手术(如结膜下植入导水阀)来控制眼压。中科博生。
基质水肿
一次性干细胞移植术后43眼中有7眼发生角膜基质水肿。
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